総合自然教育センターは、旧教育学部技術科の農場を前身として、昭和62年5月に共同利用が可能な自然教育施設として正式に発足すると同時に、現在地（福井市上伏町）に移転しました。センターでは、学部学生及び附属学校・園の児童・生徒・園児を対象として、総合的な自然観を育成するための野外学習の実践とその基礎的研究を目標としています。
組織としては、センター長、教育学部から選出の委員、附属義務教育学校、特別支援学校及び附属幼稚園から選出の委員の計11名から構成される総合自然教育センター運営委員会のもとに運営されています。その他に、センター活動を直接的に支える非常勤職員2名が配置されています。
活動としては、学部学生及び附属学校・園の児童・生徒・園児に対する、自然観察・栽培生産学習・集団活動を通した野外教育の実践を主として行っています。
